Η αυχενική διαφάνεια πραγματοποιείται όπως ένας τυπικός υπέρηχος εγκυμοσύνης διακοιλιακά. Η έγκυος ξαπλώνει στη θέση, ο γιατρός απλώνει ζελέ πάνω στην κοιλιά της και κάνει τον υπέρηχο.

Την ίδια στιγμή ο γιατρός προσπαθεί να εστιάσει στο σώμα και ιδίως στη σπονδυλική στήλη του εμβρύου, προκειμένου να κάνει τη μέτρηση.

Είναι πιθανό αν το έμβρυο δεν έχει τη σωστή θέση στη μήτρα, η εξέταση να διαρκέσει λίγο παραπάνω ώστε ο ειδικός να μπορέσει να καταγράψει όλες τις μετρήσεις που θέλει.